تمثل الجامعات السودانية الملاذ الثاني لطلبة الثانوية العامة، بسبب عدم حصولها على فرصة مناسبة في الجامعات الحكومية، وارتفاع تكاليف الجامعات الخاصة.
وتتعدد أسباب الميل لاختيار الطالب المصري للجامعات السوادنية، فبخلاف القرب المكاني لموقع السودان من مصر، تتميز الجامعات السودانية بأنها معترف بها من المجلس الأعلى للجامعات المصرية.
كذلك يعد انخفاض تكاليف الدراسة من أهم مميزات الدراسة في الجامعات السودانية، إذا ما قورنت بالجامعات الخاصة المصرية، حيث تتراوح دراسة الطب في الجامعات السودانية بين ٣٠٠٠- ٤٥٠٠ دولار، وتبلغ تكاليف دراسة العلاج الطبيعي ٣٠٠٠ دولار، بينما تبلغ تكاليف دراسة الهندسة ١٠٠٠ دولار في العام، كما أن تكاليف المعيشة في السودان منخفضة حيث يتراوح سعر إيجار سكن الطلبة بين ٢٥٠-٥٠٠ جنية مصري.
كما تتميز الجامعات السودانية بانخفاض الحد الأدنى للقبول في كليات القمة، إذ تقبل الطلبة الحاصلين على حد أدنى ٧٠% للكليات الطبية، و٦٠% لكليات الهندسة.
لكن الجامعات السودانية المعترف بها في مصر ليست كثيرة، ولعل أكثرها شهرة ما يلي:
- الخرطوم
- النيلين
- أم درمان الإسلامية
- الزعيم الأزهري
- الجزيرة
- الأحفاد للبنات
